Structural romanul este alcatuit din patru carti, fiecare avand cate 11 capitole, cu exceptia ultimei, care are doar 8 capitole, fapt ce a fost interpretat de critica literara prin aceea ca viata tanarului Bologa s-a sfarsit prea curand si intr-un mod nefiresc. Romanul are doua planuri distincte, care evolueaza paralel, dar se interconditioneaza, unul al tragediei razboiului, altul al dramei psihologice a personajului principal.
Ca si in romanul "Ion", constructia este circulara si simetrica, romanul "Padurea spanzuratilor" incepe si se termina cu imaginea spanzuratorii si cu privirea luminoasa a condamnatului.
Compozitional, romanul ilustreaza cateva simboluri sugestive pentru ideatica romanuiut, care se constituie in adevarate obsesii cu rol de accente psihologice pe parcursul intregului roman: imaginea spanzuratorii (de 20 de orI), cuvantul "datorie" (de 9 orI), iar lumina din ochii condamnatului devine laitmotiv. Atmosfera dezolanta a peisajului de toamna mohorata, cu cer rece, in care campia este neagra, arborii sunt desfrunziti, iar ploaia, vantul, intunericul, cimitirul, precum si sarma ghimpata constituie manifestari ale naturii aflate in concordanta cu starile sufletesti ale personajelor.
Subiectul romanului inceputul romanului relateaza o atmosfera cenusie de toamna mohorata, in timpul primului razboi mondial, in care imaginea spanzuratorii stapaneste intreg spatiul vizual si spiritual: "Sub cerul cenusiu de toamna ca un clopot urias de sticla aburita, spanzuratoarea noua si sfidatoare () intindea bratul cu streangul spre campia neagra"
Locotenentul Apostol Bologa, protagonistul romanului, ca membru al Curtii Martiale, a facut parte din completul de judecata care a condamnat la moarte prin spanzurare pe sublocotenentul ceh Svoboda ("libertate"- in lb.slava - AŤ.AŤ.), pentru ca incercase sa treaca frontul la inamic. Convins ca si-a facut datoria fata de stat, Apostol Bologa supravegheaza cu severitate pregatirea executiei, iar condamnarea i se pare un act de dreapta justitie. Momentul crucial care va avea puternice influente in constiinta eroului si care va declansa conflictul psihologic al personajului este privirea obsedanta a ochilor lui Svoboda, "simti limpede ca flacara din ochii condamnatului i se prelingea in inima ca o imputare dureroasa () ochii omului osandit parca il fascineaza cu privirea lor dispretuitoare de moarte si infrumusetata de o dragoste uriasa." Este acum o prima manifestare a crizei de constiinta, care, treptat, va domina mintea si sufletul lui Apostol.
Rebreanu face o retrospectiva a vietii lui Bologa, motivand devenirea personajului din copilarie si pana la inrolarea sa in armata. Apostol isi petrecuse primii ani de viata in targusorul Parva, de pe valea Somesului, prilej cu care autorul prezinta cateva date despre familie, care argumenteaza evolutia eroului: tatal sau, Iosif Bologa, "cel mai tanar condamnat in procesul Memorandului", iar mama sa - in absenta tatalui arestat - il creste pe Apostol intr-o atmosfera severa, a supunerii fata de dogmele religioase, asa ca, la varsta de sase ani, copilul are viziunea lui Dumnezeu "ca o lumina de aur orbitoare". Urmand clasele primare la Parva, apoi la liceul din Nasaud, eroul refuza sa urmeze "cariera preoteasca" si se hotaraste sa studieze filozofia. Iesit din inchisoare, Iosif Bologa se implica in educatia fiului sau, considerand ca acesta trebuie crescut in respectarea preceptelor morale solide, propunandu-si sa faca din el "un om si un caracter", veghind "cu o severitate din ce in ce mai strasnica" evolutia mentala si etica a lui Apostol. Echilibrul lui se clatina puternic atunci cand este anuntat ca tatal sau a murit de inima, simtind "cum i se darama in suflet, cu zgomot ingrozitor, o cladire veche, cu temelii ca radacinile stejarului." Atunci simti o teama ingrozitoare: "Am pierdut pe Dumnezeu" si il cuprinse o chinuitoare "dorinta de-a cunoaste" pentru a gasi raspunsuri precise si lamuritoare la toate intrebarile tulburatoare. Ca student la Facultatea de Filozofie din Budapesta, invata in cateva luni ungureste si nemteste, bucurandu-se de stima profesorilor pentru inteligenta, sarguinta si curajul opiniilor personale. Venit acasa in vacanta, o cunoaste pe Marta, fiica avocatului Domsa, se logodeste cu ea, apoi se inroleaza voluntar in armata, pentru a-i arata acesteia ca este viteaz si curajos. El este convins ca "razboiul este adevaratul izvor de viati (), adevaratul generator de energii".
Ca ofiter in armata austro-ungara, Bologa are constiinta datoriei fata de stat si se comporta exemplar, obtinand decoratii pe frontul din Galitia si Italia, fiind apoi numit membru in completul de judecata al Tribunalului Militar. Criza de constiinta a personajului este generata de cuvintele tatalui sau: "Sa nazuiesti mereu a dovandi stima oamenilor, si mai ales pe a ta insuti. De aceea sufletul tau sa fie totdeauna la fel cu gandul, gandul cu vorba si vorba cu fapta, caci numai astfel vei obtine un echilibru statornic intre lumea ta si lumea din afara! Ca barbat sa-ti faci datoria si sa nu uiti niciodata ca esti roman!". Avand puternic inradacinat acest principiu de constiinta, Bologa se simte zdruncinat de imaginea spanzuratorii si de privirea condamnatului Svoboda care exprima dispret fata de moarte si care era "infrumusetata de o dragoste uriasa".
De acum, intreaga sa fiinta este dominata de aspiratia spre libertate si constiinta apartenentei etnice. De aceea, cand afla ca regimentul sau trece pe frontul din Ardeal, incearca sa obtina aprobarea de a nu participa la aceste lupte ce se vor purta impotriva neamului romanesc. Discutia cu Klapka dezvaluie pentru prima oara dorinta lui Bologa de a dezerta, daca generalul Karg nu ii va accepta cererea de a fi mutat pe alt front decat cel romanesc. De aceea el se straduieste sa se distinga prin fapte de vitejie si eroism, ca sa poata avea argumente militare care sa-i sustina cererea in fata superiorilor. Dupa atacul in care Apostol Bologa distruge reflectorul rusesc, speranta ca i se va accepta rugamintea creste, dar generalul Karg il refuza categoric: " Divizia mea are o misiune sfanta in Ardeal! () Dusmanul a pangarit pamantul tarii. Acolo valahii () Mi se pare ca dumneata faci deosebire intre dusmanii patriei" Analizandu-si criza de constiinta, Bologa ii marturiseste generalului starea sa morala conflictuala: "Nu mi-am cantarit niciodata datoria. () Azi insa ma aflu intr-o imposibilitate morala.", fapt ce starneste mania superiorului, care considera ca trebuie sa-l rasplateasca cu "glonte, nu medalie!". in noaptea aceea Bologa incearca sa dezerteze "la muscali", dar este ranit in lupta, este spitalizat, dupa care se intoarce la Parva, unde petrece perioada de convalescenta. Rupe logodna cu Marta, care flirtase in acest timp cu alti ofiteri, Bologa marturisind insa cinstit ca "nu mai iubesc pe domnisoara Marta!".
Revenit pe front, Bologa lucreaza un timp in biroul coloanei de munitii, fiind gazduit de groparul Vidor, de a carui fiica, Ilona, se indragosteste si cu care se si logodeste.
Cateva simboluri devenite obsesii il tiranizeaza si ii macina constiinta: lumina din ochii lui Svoboda suprapusa peste lumina reflectorului rusesc, datoria de ofiter al statului austro-ungar si apartenenta la neamul romanesc, indreptandu-l cu repeziciune spre implinirea destinului tragic.
Ca membru al Curtii Martiale este pus in situatia de a condamna la moarte 12 romani acuzati de pactizare cu inamicul si, pentru a preintampina o noua greseala, ia pentru a doua oara hotararea de a dezerta, desi era urmarit cu tenacitate de locotenentul Varga, care-i banuia intentia. Apostol Bologa dezerteaza chiar prin locul pazit de cel mai vigilent dusman al sau, locotenentul ungur Varga, care il prinde si il preda Tribunalului Militar, consemnand in raport si faptul ca dezertorul avusese asupra sa "harta cu pozitiile" frontului. Bologa refuza cu incapatanare sa fie aparat de capitanul Klapka si este condamnat la moarte prin spanzurare. Odata hotarata sentinta, Apostol Bologa isi simte sufletul impacat cu el si cu lumea din afara, inima ii este inundata de "iubirea care imbratiseaza deopotriva pe oameni si pe Dumnezeu, viata si moartea () e in mine si in afara de mine". Moare ca un erou al romanilor, intruchipand puterea de sacrificiu pentru cauza nobila a neamului sau, pentru libertate si iubire de adevar, "cu ochii insetati de lumina rasaritului", cu privirile indreptate "spre stralucirea cereasca", in timp ce glasul preotului ii strabate inaltarea "Apostol! Apostol!".
Stilul lui Liviu Rebreanu confirma si in acest roman obiectivarea realista a temei, concizia si precizia termenilor literari, anticalofilia : "Nu frumosul, o nascocire omeneasca, intereseaza in arta, ci pulsatia vietii. Cand ai reusit sa-nchizi in cuvinte cateva clipe de viata adevarata, ai realizat o opera mai pretioasa decat toate frazele frumoase din lume". (Liviu RebreanU)